Todo o processo é digital e criptografado, o que significa que o Pix é protegido pelo Banco Central.​ As mesmas medidas de segurança de autenticação e criptografia adotadas na realização de outros meios de pagamento, como transferências bancárias, são utilizadas para o tratamento das transações via Pix.

As transações também são rastreáveis, o que significa que as instituições envolvidas podem, a pedido das autoridades competentes, identificar os titulares de conta de origem e destino de toda e qualquer transação de pagamento Pix, diferentemente dos saques em dinheiro.